はい。 eSIMでiMessageを使用することができます。
eSIMをインストールした後に、iMessageの再設定が必要となる場合があることにご注意ください。 再設定は以下の手順に従ってください。
1. メッセージに移動します。
2. 送受信をタップします
3. iMessageをオフにします。
iMessageをオンにします。 
5. 送受信をタップします
6. 電話番号のチェックをオフにし、メールアドレスがオンになっていることを確認します。 こうすることで、データ接続のみでiMessagesを送受信できるようになります。
eSIM が不要になったら、設定 > メッセージ > 送受信に移動し、電話番号をもう一度オンにすることで、主回線の SIM に切り替えられます:。
詳細は以下の動画でもご覧いただけます。
ご不明な点などございましたら、お気軽にサポートにお問い合わせください。